“遍地开花”的开发区成了当前小城镇低水平重复建设的危害之源。而开发区建设的失序状态又导致了许多地方政府不良负债，导致了大批“政府工程”拖欠民工工资，导致了当前公用设施投资的过快增长。开发区建设过程中的失误、失序以及失范，曾导致了也正导致着国民经济运行的巨大波动。因此，在国民经济取得长足发展的今天，有人会问：我们是否还有必要通过开发区的形式来实现战略发展？很显然，我们目前不能因噎废食，开发区建设的历史使命仍远未完结，对开发区建设不宜采取“淡出”的政策取向；以时俱进，开发区建设还是大有可为。
新形势下的开发区要定位于化解经济发展过程中突出矛盾、发育市场经济力量的“改革区”地位。今后一段时期，我国城乡发展不平衡引起的社会矛盾将相当集中、尖锐地体现在城乡接合部。在城镇化快速推进过程中，一方面城镇化发展就要占地，另一方面，占地就要引起城乡利益矛盾。解决这个问题的关键，是要摸索让退出土地的农村居民分享城市化、工业化和国民经济发展好处的政策途径。面对这个新挑战，作为“政策区”的开发区发展，有可能通过“土地入股”、“集体土地公司化经营”、“宅基地置换”、“征地与就业捆绑”、“以土地换城市社保与福利资源”等多种形式寻找到解决好这个矛盾的现实途径。中国城镇化的最大难点并非人口的城镇化、产业结构的城镇化，而是农民利益，开发区的进一步发展应当定位于城乡矛盾的缓冲区、城乡协调发展的政策试验区。
已成规模的开发区应当逐步转变为城市功能分区下的工业园区，推动城市资源的优化重组。随着我国加入ＷＴＯ和国民经济不断发展的形势变化，在“珠三角”、“长三角”、等地区，相当一部分开发区已经具有很大的产业规模。以税赋减免为主要内容，以招商引资为主要目的的政策体系需要调整。在今后一段时期中，我国的城镇化，特别是大中城市发展，战略重心之一应当是大力推进城市功能分区，促进城市资源的优化重组。由于历史原因，以及“先治坡后治窝”等政策缺陷，导致我国的城市中普遍存在着区域功能相互交错的现象。这不仅造成了宝贵的城市商业土地资源、旅游资源为住宅、工业设施所占据的巨大浪费；而且大大增加了完善交通基础设施和治理环境的城市运行成本。我国新一轮城市改造，应当按照市场经济的客观要求，按照级差地租的高低，着重于推进城市中政务区、商贸流通区、中心商务区、旅游区、居民居住区和工业园区等方面的功能分区。特别指出，我国目前城市中以幢幢拔地而起的摩天大楼为外在形式、以拆迁冲突为基本现象，强势的资本利益和弱势的劳动者利益、市民利益、公共利益之间的矛盾正在趋于激化。推动工业资本让出城市公共资源、福利资源，将能够极大地提高城市资源的级差地租水平，改善市民的交通、环境等方面福利水平，对于缓解社会矛盾具有非常重要的现实意义。
西部和中部区域经济发展仍需要借助于开发区形式打破“二元结构”和提高工业化、城镇化水平。我国西部地区的特点，一是地广人稀、生态脆弱；二是自然经济与市场经济、工业化并存，城乡发展呈现为“二元结构”。在西部发展中，远离经济中心的小城镇建设并不能充分满足脱贫、环保、工业化、生成市场化力量等方面要求。人口适度向大中城市集中是合理的战略取向。“依托水陆交通干线，重点发展一批中心城市，形成新的经济增长极”；要“支持重点地带优势产业及企业加快发展，在项目布局、市场体系建设、信贷投入、利用国内外资金等方面给予扶持和帮助”；要“对西部地区经济技术开发区、国家级高新技术产业开发区的园区内基础设施建设贷款，继续提供财政贴息支持”，围绕西部经济中心城市的“政策区”建设应当继续加强而不是削弱。我国中部地区六省区的基本特点，一是农业相对发达，二是人口高度密集。一方面，这些省区农村剩余劳动力转出的历史任务极其繁重；另一方面，这些省区的工业构成以再生产链上游的能源矿产采掘和初步冶炼加工为主。工业化、城市化水平不能满足农村剩余劳动力转出需要的矛盾已经构成对中部地区经济发展的严重威胁。目前沿海地区对中部农村剩余劳动力的吸纳程度已趋近于饱和，如果此后一段时期内人民币出现升值，外向型经济为主的沿海地区就会出现对劳动力需求的缩减，中部地区就可能面临严重的就业危机。因此，中部地区要“加快改革开放和发展步伐”，要“加强基础设施建设”，要“发展有竞争力的制造业和高新技术产业”，要“提高工业化和城镇化水平”；同样，中部地区的“政策区”建设仍应在创新基础上进一步加强。
开发区能否健康发展，将长期地影响着国民经济运行过程中的总量、结构、区域关系是否协调。我国的开发区建设已经走到了一个关键的转折阶段，讨论是否淡出实无必要，更重要的是研究和探索开发区建设的客观规律，在总结历史经验的基础上提出预见性的对策。